Dünya, bulaştığı her şeyi Dr. Eggman'in kontrolündeki robotik zombilere dönüştüren yapay Metal Virüsü'ne yenik düştü. Sonic, hızı sayesinde virüsü uzak tutabildi. Şimdiyse halkın her zamankinden daha fazla enfekte olması ve virüsün hızla yayılması sebebiyle Sonic ve arkadaşları dünyayı iyileştirmek için umutsuz bir plan başlatıyor.